Історія становлення і розвитку кафедри військової підготовки НАУ безпосередньо пов’язана з історією університету. З початку створення Київського авіаційного інституту (КАІ) започатковано і його військовий навчальний підрозділ.

У роки ІІ Світової війни КАІ та його військова кафедра внесли значний внесок у справу з підготовки висококваліфікованих авіаційних спеціалістів для частин та з’єднань цивільного повітряного флоту (ЦПФ) та Військово-Повітряних Сил. У серпні 1941 р., коли над Києвом нависла загроза окупації, КАІ був евакуйований на схід, спочатку в м. Актюбінськ, а потім в м. Чарджоу. Наказом начальника Головного управління (ГУ) ЦПФ №199 від 20.09.41 р. КАІ було реорганізовано в 46-ту навчально-тренувальну ескадрилью ЦПФ. У 1942 р. в ескадрильї було підготовлено 135 авіаційних спеціалістів. У березні 1943 р. наказом начальника ГУ ЦПФ №34 навчально-тренувальну ескадрилью було перейменовано в школу технічного складу ЦПФ.

У післявоєнні роки військова кафедра виконувала завдання з підготовки офіцерів запасу та кадру, здатних експлуатувати реактивну техніку.

У період з 1947 по 1955 роки військова кафедра була перенацілена на підготовку військових інженерів для дальньої авіації. До навчального процесу було впроваджено вивчення дальнього бомбардувальника Ту-16, а кафедру оснащено 46 спеціалізованими аудиторіями і лабораторіями. На навчальному аеродромі було обладнано три стоянки з літаками дальньої авіації.

Невпинно розбудовувалась навчально-матеріальна база підрозділу. З 1975 року на теренах університету було створено: радіополігон, стрілецький тир, вертолітну стоянку, обладнано нові спеціалізовані аудиторії для вивчення авіаційної техніки четвертого покоління.

Ураховуючи високий науково-педагогічний потенціал і розвинену сучасну навчально-технічну базу універ
ситету та військової кафедри, Кабінет Міністрів України прийняв Постанову від 19 серпня 1992 року №490 про перетворення військової кафедри у факультет військової підготовки (ФВП), на якому вперше розпочалася підготовка не тільки офіцерів запасу, але й кадрових офіцерів, а з 1995 р. – військових фахівців освітньо-кваліфікаційного рівня «спеціаліст». У 1998 році було здійснено перший випуск кадрових офіцерів для Військово-Повітряних Сил Збройних Сил України.

Сьогодні традиції славетного військового навчального підрозділу цивільного вищого навчального закладу продовжує кафедра військової підготовки Національного авіаційного університету, яка була створена Постановою Кабінету Міністрів України від 11 вересня 2013 року № 666 «Про утворення кафедр військової підготовки вищих навчальних закладів».